xGen Prism DNA Library Prep Kit

xGen Prism DNA文库制备试剂盒使您能够对降解样本(如游离DNA (cfDNA)或福尔马林固定、石蜡包埋(FFPE)样本)进行灵敏、准确的突变检测。该试剂盒的专有连接方法可实现最大化地文库转化,消除接头二聚体的形成。在单链连接过程中加入的单分子标签(UMI)序列可以去除多种重复数据并且校正错误。
• 与基于T-A配对连接的方法相比,使用新型连接酶和高度修饰的接头可以获得更高的转化率;
 • 等位基因突变频率检测(VAF)≤1%;
 • 即使降解程度很高的样本也可获得很好的数据;
 • UMIs可使序列错误降到最低。
应用方向:
Lotus DNA文库制备试剂盒可提供高质量的NGS文库,适用于多种应用,包括:
体细胞的cfDNAFFPE样本中单核苷酸多态性(SNPs)和插入/缺失(indels)的低频突变检测;
从降解样本中检测遗传种系SNPIndels
降解样本全基因组测序(WGS)等。
xGen Prism DNA文库制备试剂盒工作流程图
 
 
 
 
 
产品性能:
优越的转换效率和基于UMI的错误校正机制,可对cfDNA样本进行超低频的突变检测
xGen Prism DNA文库制备试剂盒独特的单链连接策略和工作流程提供了更高的input DNA分子到测序数据的转换。在cfDNA分析中,超低频率突变的识别中,高转化率是至关重要的。与使用cfDNA的其他DNA文库制备试剂盒相比,更高的转换率意味着更高的复杂性和覆盖范围(2)。 此外,xGen Prism DNA文库制备试剂盒还包括能够进行生物信息错误校正的含UMI的接头。
xGen Prism DNA文库制备试剂盒将更高的复杂性和覆盖度与严格的误差校正相结合,在检测超 低频率突变时能够提供更高的灵敏度和阳性预测值(PPV)(3)
  
更高的覆盖率和复杂性可在FFPE样本中提供可靠的突变检测和Indel检测
FFPE样本的分析有其独特的挑战,包括从不同质量的样本中较难成功构建文库,特别是在input量受 限的情况下。xGen Prism DNA文库制备试剂盒利用其较高的转化率,即使是FFPE样品在较低input 量时也能获得较高的文库产量(4)。较高的转化率和文库产量保证较高的文库多样性(4),这可以增 加突变检测的可信度。对于严重受损的FFPE样品,xGen Prism DNA文库制备试剂盒可以可靠地提供 灵敏的SNP检测和Indel检测。我们使用一个严重受损的FFPE参考标准品来构建文库,该标准品带有
确定的等位基因突变频率的突变位点,并使用一个238 kbxGen Lockdown Panel进行捕获。测 序后,使用BWA(0.7.15)reads进行mappedVarDict(1.5.8)计算突变频率。通过VarDict观察得到检 测的平均等位基因突变频率结果与其检测的每种突变频率的样本数量一起显示。检测的每个突变体在 所有重复的样品中给定的突变频率与预期的VAF相差无几(1)
xGen Prism DNA文库制备试剂盒实现了超低频突变率检测的高灵敏性和特异性