Globin mRNA Block模块

 

Globin Block模块在血液RNA样本上的表现
使用Globin Block在QuantSeq文库构建过程中无需额外的操作步骤

对于生物学及疾病相关研究,血液是一种信息量大且易于获得的样本。Globin mRNAs(HBA1, HBA2, HBB)占血液总RNA的50-80%,严重影响了基因的检测和定量的灵敏度。其他Globin RNA的去除方法需要对RNA进行前处理,需要高起始量的RNA,额外增加成本。Lexogen Quantseq的Globin Block模块能通过简单的方法(仅是简单的试剂互换,无需额外的操作步骤)直接在建库流程中去除Globin mRNA。适用于input量低至50ng的血液RNA。

 


Globin Block模块是专门为QuantSeq 3’mRNA-Seq建库试剂盒设计的。Globin Blockers在Quantseq流程中引入优化的Globin RNA去除流程(RS-Globin Block):Globin Blockers结合Globin第一链cDNA,阻止GlobinmRNA形成双链cDNA。Globin Block兼容自动化平台,可用于人、猪样本。对于其他物种,请联系我们。
 


Globin Block可降低Globin RNA Mapped Reads至0.7%
使用Globin Block模块的文库比标准Quantseq文库显著降低了总Globin RNA mapped read百分比(Fig.9)。在白膜层样品和全血中,使用Globin Block模块可使总Globin RNA mapped read百分比分别低至0.7%和9.7%。

Figure 9 | 特异性比对到人或猪的Globin RNA上的Reads百分比。全血RNA,使用标准QuantSeq FWD操作流程的文库对比QuantSeq+Globin Block流程的文库。1无红细胞裂解的SPLIT RNA提取试剂盒(Lexogen);2 PAXgeneBlood RNA Kit (Qiagen, 包含红细胞裂解);3 包含红细胞裂解SPLITRNA 提取试剂盒;4 Preserved Blood RNA Purification Kit I (NorgenBiotek, 不包含血细胞裂解)

 


Globin Block可提高基因检出率
Fig.10总结了标准和+Globin Block文库间基因检出的差异情况。在CPM(每100万)阈值为0.5时,两者检测到的基因大部分相同。但在+Globin Block文库中特别检测出3,690、3,030、2,825个基因,而标准Quantseq文库中仅特别检出14、17、136个基因。

Figure 10 | 使用Globin Block提高人、猪全血中基因检出率。全血RNA分别使用标准QuantSeq FWD和QuantSeq +Globin Block构建文库。基因检出数通过CPM均一化read计数(阈值大于0.5)。检出的基因列表进行比对,重合部分(深绿色)、QuantSeq FWD特有部分(蓝色)、QuantSeq +Globin Block特有部分(浅绿色)。1无红细胞裂解的SPLIT RNA提取试剂盒;2PAXgene® BloodRNA Kit (Qiagen,包含红细胞裂解);3包含红细胞裂解的SPLITRNA提取试剂盒 ;4Preserved Blood RNA Purification Kit I (NorgenBiotek,不包含血细胞裂解);CPM: 每百万计数。

 


QuantSeq 自动化
Lexogen可提供QuantSeq 3’ mRNA-Seq文库构建流程的自动化版本。在自动化平台上构建Illumina兼容的 3’mRNA-Seq文库,能够提供9,216个i5 / i7 index组合,能实现高通量、大规模基因表达检测。自动化减少了手动操作的时间,提高通量,避免手动操作误差和样本错乱。
AutoQuantSeq 能够兼容PE、Hamilton、Agilent、Eppendorf、Beckman自动化平台。

 


自动化 QuantSeq 数据分析
Bluebee Genomics Platform免费为QuantSeq 3’ mRNASeq文库构建试剂盒(FWD和REV)的数据提供分析。Lexogen为每个试剂盒提供一个密码,使用者可以登录该平台分析数据。也可用Partek Flow (license required)平台进行数据分析。使用者可以直接在Partek Flow导入原始测序数据,然后进行自动化分析。也可进行定制化分析。

 


说明书附件下载:

   012UG036V0130_QuantSeq IonTorrent-User Guide
     070AN158V0100 Globin Block Modules-Application Note
070MS168V0100 GlobinBlock - MSDS
Globin Block模块用户指导                  
QuantSeq Ion Torrent-Reference Card

 

Globin mRNA Block模块

Globin Block模块在血液RNA样本上的表现 使用Globin Block在QuantSeq文库构建过程中无需额外的操作步骤 对于生物学及疾病相关研究,血液是一种信息量大且易于获得的样本。Globin mRNAs(HBA1, H


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