Mix2 RNA-Seq 数据分析软件



Mix2 (Mix-Square)通过RNA-Seq数据中的位置覆盖偏差,来准确计算出基因isoform的丰度。使用Mix2进行
isoform定量是可重复跨变量条件的,并可准确检测差异表达。


 

优势:

准确评估转录本浓度;

测序设备、文库制备和各种降解类型RNA,丰度评测的结果都可重复;

准确检测差异表达;

可以对RNA测序中的数据偏差类型进行检测并归类;

运算速度超快,且占用内存小。

 

工作原理:

RNA测序中isoform定量的准确性和重复性,受RNA测序数据中的片段偏差的影响。Mix2没有对覆盖偏差做出任何假设,而是将混合模型与每个基因的isoform数据进行拟合(Fig.1)。因此,Mix2可以准确地表现5'偏差,如Fig. 1AB)所示,而Cufflinks软件仅限于均匀分布(Fig. 1C)。

 

 

Figure 1 | Mix²的工作原理。

 

 

Mix2 RNA-Seq 数据分析软件

Mix2 (Mix-Square) 通过 RNA-Seq 数据中的位置覆盖偏差,来准确计算出基因 isoform 的丰度。使用 Mix2 进行 i soform 定量是可重复跨变量条件的,并可准确检测差异表达。 优势: l 准确评估转录


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