CORALL Total RNA-seq文库构建试剂盒

 

CORALL试剂盒可以在4.5h内快速完成单分子标签(UMIs)以及链特异性(>99%)的RNA文库构建。Lexogen专有的链置换终止和连接技术,无需片段化,可提供完整的转录表达信息,包括转录的起始和终止位点信息。
 


产品优势:

完整覆盖转录本信息,从起始到终止位点信息,用于全转录组分析;

4.5小时内即可完成RNA文库构建;

整合UMIs,准确反映转录本信息;

出色的链特异性(>99 %)操作流程;

低起始量(1ng-1μg),兼容mRNA捕获及核糖体去除建库;

适用低起始量或低质量的FFPE样本;

自动化友好。
 


工作流程:
CORALL文库构建基于特有的链置换终止和连接技术,首先置换终止引物(DSP,包含P7序列)3’端可随机结合到RNA模板上,然后进行反转录延伸,当延伸到下一个DSP时,延伸终止,因此文库构建过程不需要进行片段化。插入片段的大小取决于两个结合到模板RNA上DSP的距离。此外,这种终止可阻止伪第二链的合成,保持出色的链特异性。寡核苷酸连接序列可以与第一链cDNA片段的3’端进行高效的连接,同时引入P5序列和单分子标签(UMIs)。

通过PCR进行第二链的合成和双链cDNA扩增,同时把i7和i5(可选)端index以及簇生成所需的完整接头序列引入到文库中。所有的核酸纯化都使用磁珠,操作流程高度匹配自动化。
CORALL试剂盒中已包含多达96个i7 index 可用于多样本混合分析。此外,还可以选购i5 index以得到最多9,216种不同的index组合(Lexogen i5 6 nt DualIndexing Add-on Kits)。由于UMI信息包含在Read 1中,因此可以直接以低成本对转录本进行唯一分析,可进行精确定量。

 

性能表现:
CORALL试剂盒表现出非常好的覆盖率、链特异性、ERCC input-output线性关系及序列比对率(Tab.1)。CORALL在多种物种及样本类型中都表现出极好的性能,包括人、小鼠、小型猪、仓鼠、植物和细菌的各种RNA,以及降解的和FFPE RNA样本。

Table 1 | CORALL文库双端比对数据。以~2ng去除rRNA的UHRR(通用的人类参考RNA)进行建库,并在NextSeq 500平台进行测序)PE 150)。将测序数据比对到人类参考基因组GRCG38.94并用Mix2 Sequencing Library
Read 1(version1.4.0.12)软件进行定量分析。
aCoD覆盖率为实际覆盖率与理论覆盖率的偏差(值越低表示偏差越小)。编码蛋白质、反义+ lincRNA的百分比是通过featureCounts、进行计算。

 


转录本覆盖度:
与竞品T和N相比,CORALL生成的转录组覆盖度与其相当,比较平滑、均一 (Fig. 2)。

CORALL Total RNA-seq文库构建试剂盒

CORALL试剂盒可以在4.5h内快速完成单分子标签(UMIs)以及链特异性(99%)的RNA文库构建。Lexogen专有的链置换终止和连接技术,无需片段化,可提供完整的转录表达信息,包括转录的起始和


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