xGen DNA 文库制备机械剪切试剂盒可提供灵活的解决方案，以简化用于 Illumina® 测序平台的 dsDNA、NGS 样本制备过程。该工作流程处理片段化 DNA，例如 Covaris® 剪切 DNA，以进行快速高效的末端修复、腺苷酸化和接头连接。它包括可选的文库扩增步骤，因此可支持手动和自动工作流程。这些试剂盒还可用于靶向杂交捕获。试剂盒中提供的高保真聚合酶预混合液适用于预杂交 PCR，可使用低至 1 ng 的 DNA 起始量产生 500 ng 或更高的得率。这些试剂盒也可兼容任何预设计的 xGen 杂交探针组或 xGen 定制杂交探针组。

快速灵活的工作流程

xGen DNA 文库制备机械剪切实验方案包含两次酶法孵育、一次标签或可选 PCR 和磁珠纯化步骤。实验方案尽可能减少了样本处理，将采用 PCR 的整体文库制备时间缩短至两小时。

表1 技术参数

产品优势

• xGen DNA 文库制备机械剪切试剂盒可兼容 Covaris® 剪切 DNA——该试剂盒支持 1 ng 至 1 µg 的起始量，可使用 50 ng 起始量 DNA 进行无需 PCR 的文库制备。

• 高多重化能力——预铺板 UDI 引物支持对多达 1536 个样本进行混样建库。

• 可兼容 xGen Normalase™ 模块——简化通过多重分析均一化处理测序文库的过程

• 精心设计的工作流程，轻松实现自动化

应用方向

• 全基因组测序

• 基于杂交捕获的外显子测序

• 宏基因组测序

• 种系遗传SNVs和Indels的检测

• SNVs和Indels低频体细胞突变检测

• 拷贝数变化检测

建库流程

图 1. xGen DNA 文库制备机械剪切试剂盒工作流程。 试剂盒提供两种配置，分别支持两种标签工作流程。孵育步骤包括末端修复、dsDNA 修正和加 A 尾，均在一次末端制备反应中进行，然后连接短 Y 接头（xGen DNA 文库制备机械剪切试剂盒，左侧）或全长标签 Y 接头（xGen DNA 文库制备机械剪切通用试剂盒，右侧）。xGen DNA 文库制备机械剪切工作流程在接头连接后加入了加标签 PCR 步骤，以完成接头序列。PCR 对于机械剪切通用试剂盒而言是可选步骤。xGen DNA 文库制备机械剪切试剂盒可与各种标签引物和全长标签 Y 接头兼容，包括 UDI 和 UMI 接头以及最多 1536 个 UDI 引物对。两种试剂盒均兼容 Normalase 模块。xGen DNA 文库制备机械剪切工作流程与其他试剂盒供应商相似，即在 60 分钟的末端修复/加 A 尾步骤 (ER/A) 后，进行 15 分钟的接头连接步骤 (L)、磁珠纯化 (B)、可选的文库扩增步骤 (PCR) 和第二次磁珠纯化 (B)。

产品数据

图 2均衡的基因组覆盖度。 使用 xGen DNA 文库制备机械剪切通用试剂盒和两家其他供应商的试剂盒，并采用 100 ng Coriell NA12878 DNA（使用 Covaris 剪切仪剪切至 350 bp，重复进行两次）构建无需 PCR 的文库。使用 IDT for Illumina® TruSeq® UDI DNA Indexes（产品目录 20020590），以供应商指定的浓度构建所有文库。在各供应商试剂盒中使用一致的磁珠比例，生成同等的插入片段大小。使用 qPCR 定量文库，并在 Illumina® NovaSeq ® 仪器上进行测序，将数据归一化至每份样本 270 M read。右图：在三种试剂盒中，无需 PCR 的文库得率接近。左图：相对于其他供应商试剂盒的平均覆盖度（包括大于平均覆盖度的高 GC 区域），xGen DNA 文库制备机械剪切通用试剂盒显示出更平衡的覆盖度（971 个高 GC 区域）。偏离相对覆盖度 1 代表覆盖度均一性降低（富含 GC 的 bed 格式文件来自 Ross 等人，Characterizing and Measuring Bias in Sequence Data；Genome Biol. 2013）。

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