xGen 16S 扩增子探针组 v2 和 xGen ITS1 扩增子探针组提供可靠的 NGS 流程，可在 Illumina® 测序平台上提供高覆盖度的，可靠的 NGS 质量数据。这两种试剂盒利用多重 PCR 技术，能够利用平铺引物对从 DNA 构建文库，以靶向 V1–V9 可变 rRNA 区和 ITS1 区，每种试剂盒的多重引物对池都整合在单管内。

xGen 16S 扩增子探针组试剂盒借助单管中的多个重叠扩增子，使用2 小时的快速测序流程制备可直接上机测序的文库，用于研究（图 1）。单池多重 PCR 工作流程即使是针对低起始量样本，也可生成稳健的文库。此文库可以用常规的方法进行量化，比如 Qubit®（赛默飞世尔科技）或 Bioanalyzer®（安捷伦），也可以通过手动池化进行均一化，或者利用随附的 xGen Normalase™ 试剂进行酶促均一化。（注意：使用 Normalase 试剂会额外增加完成工作流程的时间。）

此外，xGen 16S 扩增子探针组 v2 和 xGen ITS1 扩增子探针组利用分别靶向 16S rRNA 基因（可变区 1–9）和 ITS1 区的单一引物池，能推进复杂微生物群落（例如，细菌、古菌、真菌)的 NGS 分析。探针组还可以针对其他靶序列进行定制，包括抗生素抗性或毒力基因，从而进行亚属级鉴定和功能分析。

表1.  xGen™ 宏基因组学扩增子探针组的技术参数。

工作流程

图 1. xGen 扩增子探针组的单管工作流程可以在 2 小时内完成。 制备 NGS 文库的第一步是多重 PCR。您的探针组将与 DNA 样本结合，扩增感兴趣的靶序列。然后，使用标签引物扩增样本，生成可用的双标签文库。可选步骤：在合并多个文库后，可使用 xGen Normalase 试剂处理，确保每个文库在加入流动槽的最终样本中具有相同的占比。

产品优势

• xGen 16S rRNA v2 扩增子探针组靶向 16S rRNA 基因的 V1–V9 可变区

• xGen ITS1 扩增子探针组靶向 rRNA 基因的内转录间隔区

• 整合文库均一化流程可以精简文库平衡和混合过程，而无需对样本进行定量

• 独特的扩增子化学反应产生不同的簇，无需 PhiX 或分阶段引物，实现更高效的测序（图 4）

• 兼容 Illumina® 测序系统和 read 长度

• 2 小时单管流程，简便易行

产品数据

覆盖 16S rRNA 基因的全部可变区和 ITS1 区

16S v2 和 xGen ITS1 扩增子探针组利用靶向 16S rRNA 基因（可变区1–9）和 ITS1 区（图2）的引物池，推进复杂微生物群落（如细菌、古菌、真菌）的 NGS 分析。此外，这些探针组可以针对其他靶序列进行定制，包括抗生素抗性或毒力基因，从而进行亚属级鉴定和功能分析。

xGen 16S 扩增子探针组 v2（引物）

图 2. xGen 16S 扩增子探针组 v2（引物）。 在 Integrative Genomics Viewer (IGV) Sashimi plot 中观察到的大肠杆菌 DNA 样本 (n = 1) 测序 read 覆盖度，以及 16S rRNA 所有九个可变区的多重引物覆盖度示意图，对比标准 V3/V4 16S 测序 read 覆盖度。

xGen ITS1 扩增子探针组（引物）

图 3. xGen ITS1 扩增子探针组（引物）。在 IGV Sashimi plot 中观察到的测序 read 覆盖度，以及白色念珠菌 ITS1 区多重引物覆盖度 (n = 1) 示意图。源自正向引物的 read 显示为红色；反向引物的 read 显示为蓝色。

xGen 16S 扩增子探针组 v2 和 xGen ITS1 扩增子探针组提供了复杂微生物群落的占比

图 4. xGen 16S 扩增子探针组 v2 能更完整地呈现复杂微生物群落的组成比例。 相较于单独检测 V3–V4 区的文库，覆盖 16S rRNA V1–V9 区的 xGen 16S v2 探针组，能检测商业标准品(MSA-1003)中每个属的准确占比。旧版 Accel-Amplicon 16S+ITS 探针组和新版 xGen 16S 扩增子探针组 v2 表现出类似的相对丰度结果。MSA-1003 中，菌株占比水平在 0.02% 到 18% 之间。方框标出了仅使用 V3–V4 区检测文库无法检出的生物体。文库在 MiSeq®(Illumina) 仪器上进行了测序，未使用 PhiX 试剂。如该图中的示例所示，通过不损失因使用 PhiX 或由于使用相控引物而不得不进行更深度测序所占用的 read，可以在每次测序运行中增加样本数量，从而提高了测序效率，同时仍然获得了高质量的数据。

图 5. 来自覆盖 ITS1 区探针组的 Zymo I/II 预期数据与观察数据。 xGen ITS1 扩增子探针组对两种商用标准品（Zymo I—ZymoBIOMICS™ Microbial Community 和 Zymo II—ZymoBIOMICS Microbial Community standard II（对数分布））提供每个属的准确占比。在 Zymo II 中的真菌菌株的占比水平为 0.1% 至 99.9%。xGen ITS1 扩增子探针组得到的细菌背景下真菌物种的占比符合预期。

不同样本量、样本类型和 read 长度条件下都具有一致的性能

图 6. 不同样本量、样本类型和 read 长度下具有一致的性能表现。使用相同的实验方案和循环条件，10 ng 至 50 ng 起始量的猪粪（左上）鉴定出了数量和类型相同的属。此外，MSA-1003 的 10 pg 样本（左下）与 1 ng 样本鉴定出了相对丰度和类型相同的属。在比较 2 x 150 和 2 x 300 PE 测序 read 百分比时，旧版 Accel-Amplicon 16S+ITS 探针组和新版 xGen 16S 扩增子探针组 v2 产品给出了类似的结果；从猪粪样本中鉴定出了数量相当的属（右表）。

订购信息

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xGen™ PEG NaCl Buffer

xGen™ Amplicon CDI Primers