甲基化测序是研究不同生命过程中基因调控的一个重要工具，例如细胞分化和疾病进展，并且越来越多的应用到肿瘤早筛、分诊、治疗选择、微小残留监测、复发检测等临床领域中。重亚硫酸氢盐处理一直是绘制DNA甲基化图谱的金标准，由来自澳大利亚的Kanematsu等科学家开发的技术方案^[1，2]。常规甲基化文库制备方法为先建库后进行重亚硫酸盐处理，其至少需要微克量级别DNA，重亚硫酸盐处理会破坏DNA双链结构，导致测序时损伤的文库无法进行簇生成。IDT xGen™ Methyl-Seq Library Prep Kit（原 swift Accel-NGS Methyl-Seq Library Kit） 利用其特有的Adaptase技术，对重亚硫酸氢盐转化处理后的单链及损伤DNA进行最大程度地利用和转化，从而提供更完整、偏好性更低的甲基化文库。下面我们一起来了解一下吧~

xGen™ Methyl-Seq Lib Prep Kit

工作原理

基于IDT Adaptase^®专利技术，对重亚硫酸氢盐转化处理后的单链及损伤DNA进行最大程度地利用和转化，从而提供更完整、偏好性更低的甲基化文库。

图1 xGen™ Methyl-Seq Lib PrepKit工作流程示意图

产品参数

产品性能

构建更完整、偏好性更低的NGS文库

来自新加坡南洋理工大学Li Zhou等人在Illumina NovaSeq和HiSeqX测序平台上，系统的比较了三种不同的文库制备试剂盒性能，包括xGen™ Methylation-Sequencing DNA Library Preparation Kit，Illumina TruSeq DNA Methylation kit和QIAGEN QIAseq Methyl Library kit^[3]。

实验设计如下表所示，HiSeq X测序平台测序读长设置为PE150。样本1-4及样本5-8分别为全血和白细胞亚群（样本5和8：CD4+T细胞；样本6和7：中性粒细胞）。

三种建库试剂盒评估指标及结果如下

下方热点图综合了三种建库制备方法的总体性能比较结果，其中“绿色” 和“红色”分别表示性能表现最好及最差的技术方法。如某一特定指标两两比较时，在统计上没有显著差异，那么该两种方法将被赋予平均表现的相同等级，例如，在评估Q20测序指标时，IDT和TruSeq都为最佳表现的试剂盒，且等级分数相同（2.5=（2+3）/2），因为两者之间没有统计学上的显著差异。

参考文献

1. Frommer, M., et al. (1992). A genomic sequencing protocol that yields a positive display of 5-methylcytosine residues in individual DNA strands. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 89 (5), 1827–1831.

2. Clark, S. J., Harrison, J., Paul, C. L., and Frommer, M. (1994). High sensitivity mapping of methylated cytosines. Nucleic Acids Res. 22 (15), 2990–2997

3. Li Zhou,et al. (2019) Systematic evaluation of library preparation methods and sequencing platforms for high-throughput whole genome bisulfite sequencing. Sci Rep. Jul 17;9. 

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