Mix2 RNA-Seq 数据分析软件

Mix2 (Mix-Square)通过RNA-Seq数据中的位置覆盖偏差,来准确计算出基因isoform的丰度。使用Mix2进行
isoform定量是可重复跨变量条件的,并可准确检测差异表达。

 

优势:

l 准确评估转录本浓度;

l 测序设备、文库制备和各种降解类型RNA,丰度评测的结果都可重复;

l 准确检测差异表达;

l 可以对RNA测序中的数据偏差类型进行检测并归类;

l 运算速度超快,且占用内存小。

 

工作原理:

RNA测序中isoform定量的准确性和重复性,受RNA测序数据中的片段偏差的影响。Mix2没有对覆盖偏差做出任何假设,而是将混合模型与每个基因的isoform数据进行拟合(Fig.1)。因此,Mix2可以准确地表现5'偏差,如Fig. 1AB)所示,而Cufflinks软件仅限于均匀分布(Fig. 1C)。

Figure 1 | Mix²的工作原理。 AMix2软件通过模拟8个正态分布的混合物分析一个2,000bp的转录本上5'端片段偏差。B)由Mix2模拟具有5'bias2isoform的基因; C)在不考虑片段偏差的情况下,基因

B)Cufflinks中均一性分布。


性能表现

通过对公开可获得的RNA测序数据进行测试,包括不同的测序设备、文库制备方法和不同降解程度的RNA。与其他偏差校正方法相比,Mix2的定量估计值在各种条件下与qPCR检测结果具有更好地相关性。Mix2获得准确的表达变化估计值,因此可以更准确地检测基因isoform的差异表达(Fig. 2)1Mix2可通过可视化估计的片段分布簇并通过提取相关的簇统计数据,来研究RNA测序数据中的偏差。Mix2软件可在LinuxWindowsMac OS系统上使用。

Figure 2 | AMix2 BCufflinks分析得到的表达变化与qPCR表达变化之间的相关性。 CReceiver Operating Characteristic (ROC) 曲线,基于isoform不同定量方法检测差异表达的曲线; Mix2的阳性率更高。

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Mix2 - Application Note

Mix2 - 用户指导书
 

Mix2 RNA-Seq 数据分析软件

Mix2 (Mix-Square) 通过 RNA-Seq 数据中的位置覆盖偏差,来准确计算出基因 isoform 的丰度。使用 Mix2 进行 i soform 定量是可重复跨变量条件的,并可准确检测差异表达。 优势: l 准确评估转录


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