CORALL Total RNA-seq文库构建试剂盒
CORALL试剂盒可以在4.5h内快速完成单分子标签(UMIs)以及链特异性(>99%)的RNA文库构建。Lexogen专有的链置换终止和连接技术,无需片段化,可提供完整的转录表达信息,包括转录的起始和终止位点信息。

产品优势:

完整覆盖转录本信息,从起始到终止位点信息,用于全转录组分析;

4.5小时内即可完成RNA文库构建;

整合UMIs,准确反映转录本信息;

出色的链特异性(>99 %)操作流程;

低起始量(1ng-1μg),兼容mRNA捕获及核糖体去除建库;

适用低起始量或低质量的FFPE样本;

自动化友好。

工作流程:
CORALL文库构建基于特有的链置换终止和连接技术,首先置换终止引物(DSP,包含P7序列)3’端可随机结合到RNA模板上,然后进行反转录延伸,当延伸到下一个DSP时,延伸终止,因此文库构建过程不需要进行片段化。插入片段的大小取决于两个结合到模板RNA上DSP的距离。此外,这种终止可阻止伪第二链的合成,保持出色的链特异性。寡核苷酸连接序列可以与第一链cDNA片段的3’端进行高效的连接,同时引入P5序列和单分子标签(UMIs)。

通过PCR进行第二链的合成和双链cDNA扩增,同时把i7和i5(可选)端index以及簇生成所需的完整接头序列引入到文库中。所有的核酸纯化都使用磁珠,操作流程高度匹配自动化。
CORALL试剂盒中已包含多达96个i7 index 可用于多样本混合分析。此外,还可以选购i5 index以得到最多9,216种不同的index组合(Lexogen i5 6 nt DualIndexing Add-on Kits)。由于UMI信息包含在Read 1中,因此可以直接以低成本对转录本进行唯一分析,可进行精确定量。
性能表现:
CORALL试剂盒表现出非常好的覆盖率、链特异性、ERCC input-output线性关系及序列比对率(Tab.1)。CORALL在多种物种及样本类型中都表现出极好的性能,包括人、小鼠、小型猪、仓鼠、植物和细菌的各种RNA,以及降解的和FFPE RNA样本。

Table 1 | CORALL文库双端比对数据。以~2ng去除rRNA的UHRR(通用的人类参考RNA)进行建库,并在NextSeq 500平台进行测序)PE 150)。将测序数据比对到人类参考基因组GRCG38.94并用Mix2 Sequencing Library
Read 1(version1.4.0.12)软件进行定量分析。
aCoD覆盖率为实际覆盖率与理论覆盖率的偏差(值越低表示偏差越小)。编码蛋白质、反义+ lincRNA的百分比是通过featureCounts、进行计算。

转录本覆盖度:
与竞品T和N相比,CORALL生成的转录组覆盖度与其相当,比较平滑、均一 (Fig. 2)。

Figure 2 | 转录本累积覆盖度(全转录组)。使用RSeQC提供的geneBody_cover.py生成所有转录本的覆盖率(转录本长度标准为100%

基因检测数量
CORALL试剂盒的基因检出率与传统竞品试剂盒相比 性能相当(Fig. 3A)95%的基因都可以被CORALL和其他两个竞品试剂盒检测到(at >10 counts per million(CPM), Fig. 3B)。这种高度多样性的文库可确保对转录组的真实反应,提高基因表达分析的灵敏度。


Figure 3 | 基因检测数量。 A)基因发现率,检测到的基因数量与唯一比对到外显子的reads总数相对应。B)基因发现重叠情况,韦恩图显示CORALL和竞品试剂盒检测到的基因的重叠情况(以>10 CPM作为表达水平标准)。


超高的End-to-End覆盖度
CORALL全面的覆盖度可提高转录本起始位点和终止位点的覆盖率。ERCC标准品具有精确、已知的转录起始(TSS)和终止位点(TES)信息,因此使用ERCC作为spike-in标准品来分析覆盖度。与竞品文库相比, CORALL的文库序列能更精确地比对到ERCCTSS (Fig. 4A)。另外,CORALL也提高TES的覆盖度 (Fig. 4B)

 

应用:
CORALL适用于全转录组测序应用,包括基因表达谱分析,isoform发现和定量分析,可变剪切研究,转录本注释,和重新组装。CORALL同样可以用于SLAMseq代谢组分析。

货号:

货号

产品描述

规格

全转录组分析文库构建试剂盒

 RNA-Seq 文库构建试剂盒

Illumina™ 平台适用不含 rRNA 去除试剂盒,包含 barcodes 7001-7096)

095.24

CORALL Total RNA-Seq Library Prep Kit, 24 preps

24

095.96

CORALL Total RNA-Seq Library Prep Kit, 96 preps

96

Illumina™ 平台适用 ( rRNA 去除试剂盒,包含 barcodes 7001-7096)

096.24

CORALL Total RNA-Seq Library Prep Kit with RiboCop, 24 preps

24

096.96

CORALL Total RNA-Seq Library Prep Kit with RiboCop, 96 preps

96

mRNA-Seq 文库构建试剂盒

Illumina™ 平台适用 (包含barcodes 7001-7096)

039.100+095.24

Poly(A) RNA Selection Kit, 100 preps + CORALL Total RNA-Seq Library Prep Kit , 24 preps

24

039.100+095.

96

Poly(A) RNA Selection Kit, 100 preps + CORALL Total RNA-Seq Library Prep Kit, 96 preps

96


说明书附件下载

CORALL Total RNA-Seq-MSDS

CORALL 总 RNA-Seq文库构建试剂盒说明书-简易版

CORALL 总 RNA-Seq文库构建试剂盒说明书-详细版
 

CORALL Total RNA-seq文库构建试剂盒

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